Giống như tất cả các loài cá sấu khác, chúng là động vật có tứ chi, với bốn chân ngắn và bẹt; đuôi dài và khỏe; vảy che các lớp mai hóa xương chạy dọc theo lưng và đuôi và quai hàm rất khỏe và đẻ trứng.
Chúng có màng nháy để bảo vệ mắt, và mặc dù có các huyền thoại về “nước mắt cá sấu”, chúng có các tuyến lệ, và có thể tẩy rửa mắt của chúng bằng nước mắt. Các lỗ mũi, mắt và tai nằm ở phần đỉnh của đầu chúng, vì thế các phần còn lại của cơ thể có thể che giấu dưới nước để tấn công con mồi bất ngờ. Màu sắc cũng giúp chúng ngụy trang rất tốt.
Cá sấu Mỹ thông thường trườn dọc theo bụng của chúng, nhưng chúng có thể “đi bộ”. Các cá thể nhỏ hơn có thể phóng nhanh, và thậm chí cả các cá thể lớn hơn cũng có khả năng tăng tốc độ đột biến đáng ngạc nhiên.
Chúng có thể bơi khá nhanh với vận tốc 20mph (32km/h) bằng cách chuyển động cơ thể và đuôi của chúng theo đường hình sin, và chúng có thể duy trì kiểu chuyển động này khá lâu nhưng chúng không thể giữ lâu được tốc độ này.
Cá sấu có tim 4 ngăn, giống như chim, điều đó rất có hiệu quả trong việc chuyên chở và cung cấp ôxy cho máu của chúng. Thông thường chúng chỉ lặn trong vài phút, nhưng có thể ẩn mình dưới nước tới 30 phút nếu gặp nguy hiểm, và nếu chúng ngừng hoạt động thì có thể giữ cho hơi thở kéo dài tới 2 giờ dưới nước.
Chúng có sự trao đổi chất thuộc hệ máu lạnh, vì thế chúng có thể sống rất lâu giữa hai lần có thức ăn – vì thế khi ăn, chúng có thể ăn một khối lượng thức ăn bằng một nửa khối lượng cơ thể mỗi lần.
Con non mới sinh có chiều dài 50cm (20 in) và khối lượng khoảng 60g (2oz). Con trưởng thành trung bình dài 4,3m (14ft) và nặng 382kg (840lb) ở con đực, dài trung bình 3m (9,8 ft) và nặng 173kg (380 lb) ở con cái. Con mồi chính của cá sấu Mỹ là cá; mõm tương đối hẹp chỉ thích hợp cho việc ăn cá. Hầu như bất kỳ loài cá nào được tìm thấy ở nước ngọt thông qua môi trường sống nước mặn ven biển đều có thể là con mồi.
Ở Florida, cá vược, cá cháo lớn và đặc biệt là cá đối dường như là con mồi chính. Mõm của cá sấu Mỹ rộng hơn so với một vài loài cá sấu chuyên ăn cá (như cá sấu Ấn Độ, cá sấu mũi dài,…), cho phép nó để bổ sung chế độ ăn uống với con mồi đa dạng hơn. Con mồi dao động về kích thước từ côn trùng với cá sấu con cho tới gia súc lớn bị săn bởi con trưởng thành, và có thể bao gồm nhiều loài chim, động vật có vú, rùa, cua, ốc, ếch, và đôi khi cả xác thối.
Cá sấu Mỹ trưởng thành không có kẻ thù tự nhiên và hầu hết các động vật trên cạn hoặc ven sông mà chúng gặp phải đều là con mồi. Được biết, cá sấu săn mồi chủ yếu trong vài giờ đầu tiên sau khi đêm xuống, đặc biệt là vào những đêm không trăng, mặc dù chúng có thể ăn bất cứ lúc nào.